五明佛学院开设的课程可分为:显宗和密宗两大部份,而显宗是日后修学密宗的基础。有人以为藏传佛教唯有密宗,其实不然,藏传佛教中显密同样发达,其从印度翻译的显宗经论之浩瀚实不逊于汉传佛教。且与汉传佛教相比,其次第严谨,修学系统性的特点尤为突出。
明朝时中兴宁玛巴的无垢光尊者龙钦巴曾作过如是教诫:末法时代,唯有闻思究竟的人方可证悟大圆满。闻思的第一步即是学显宗教法。学院里开设的显宗课程有戒律、因明、俱舍、中观、般若五大类。藏族僧众们上课要求特别严格,在第二天上课时不但要背出头一天的颂辞,而且还要完整地复述出其主要内容。各科修完,一般需四、五年时间,然后经过严格的答辩,与大众前激烈的辩论,过关者可获得堪布(法师)的称号,才有资格给他人讲经说法。
学院于严格的四众戒律外,还制定了相应的纪律。如男女出家人之间禁止接触、交谈,其居住区域分开很远,中间隔居士区,相互不能进入对方区域。即使居士也不例外,居士区也是男女众分开居住,男女居士严禁单独交往,如结伴行走,绕坛城等都在禁止之列。
法王传法在大经堂內,全体藏汉僧俗均参加听讲。经堂三面围廊,中间为一大片露天水泥地,可容纳一万多人。这里听法必须严格遵照佛教中的规矩:脱鞋、脱帽、不能打伞。而藏地气候恶劣,冬春两季气候寒冷,时常风雪交加,灌进听法者的衣领;夏天的太阳没遮没拦,紫外线又特强,照在人身上如热铁板炙烫一般;或是阴雨绵绵,水泥地上早已积水成汪,而听法者照例坐在湿漉漉的地上,只用披单为经书挡雨,任凭雨水淋在身上,两个钟头的一堂课下来,已成雨人。即使大活佛、大堪布也安然处于大众之中,没有例外。
每天傍晚六~八点钟,大经堂里便人声鼎沸,犹如闹市,众多喇嘛汇集到这里,参加每天例行的辩经法会。辩经是藏传佛教的一大优良传统,它能祛除疑难,理清思路,巩固所学的内容,还能锻炼表达能力,为今后修行、弘法打下扎实的基础,所谓“听十遍不如辩一遍”即是此理。